Jesu li cjepiva kriva za pojavu novih supersojeva?

Širenje delta varijante virusa koja je vrlo zarazna i usto dijelom uspijeva probiti imunitet stečen cijepljenjem te pojava nove varijante omikron u Africi koja bi mogla biti i vrlo zarazna i imuna na cjepiva, nameće pitanje mogu li cjepiva uzrokovati pojave novih, supersojeva koji izbjegavaju imunitet?

Na mutacije utječu dva ključna faktora

Kako piše Index na prvi pogled potvrdan odgovor čini se logičnim. U procijepljenoj populaciji uspjet će samo oni virusi koji imaju mutacije koje će im omogućiti da zaobiđu cjepivom stvoren imunitet. Drugim riječima, protutijela stvorena cijepljenjem stvorit će određeni selekcijski pritisak na viruse.

No, s druge strane cjepiva smanjuju multiplikaciju virusa u svakom cijepljenom zaraženom pojedincu, čak i ako oni uspiju zaobići imunitet, čime smanjuju mogućnost za nastajanje novih mutacija – što manje replikacije, to manje prilike za mutacije. Stoga je za očekivati da će virus imati više mogućnosti za mutiranje i stvaranje novih varijanti u populacijama koje nisu dobro procijepljene.

Nameće se pitanje koji je od ovih čimbenika snažniji i važniji za evoluciju novih sojeva.

Stručnjak za viruse i genetiku Trevor Bedford, profesor na sveučilištu u Washingtonu, na svojem je profilu na Twitteru predstavio vrlo zanimljivu analizu u kojoj je pokušao odgovoriti na to pitanje.

Ukratko i pojednostavljeno Bedford pokazuje da je mala vjerojatnost da će cjepiva pridonijeti mutaciji virusa, osobito u dobro procijepljenim populacijama. Osim toga, ukazuje na činjenicu da su se sve glavne nove varijante nakon izvorne wuhanske, uključujući i trenutno dominantnu deltu, pojavile prije raširene kampanje cijepljenja i to uglavnom u područjima koja su bila jako pogođena epidemijom poput Manausa u Brazilu i New Yorka u SAD-u.

Bedford smatra da su najvjerojatniji izvori mutacija ljudi s oslabljenim obrambenim sustavom kakav je, primjerice, svojstven za oboljele od HIV-a koji obolijevaju kada se virus nesmetano širi.

Luka Čičin-Šain: Bedfordova analiza je vrlo plauzibilna

Virusni imunolog Luka Čičin-Šain, koji radi u poznatom centru za infektološka istraživanja Helmholtz u njemačkom Braunschweigu, smatra da je Bedfordova analiza vrlo plauzibilna.

„Daleko veći poticaj za evoluciju je širenje virusa u populaciji, naročito onoj koja je visoko prokužena pa je dio ljudi već imun“, kaže Čičin-Šain.

„Čim je više virusa, veća je i vjerojatnost da neki od virusnih genoma koji se repliciraju mutiraju na način koji je virusu koristan. U tom slučaju, virusi koji imaju genetsku prednost množit će se brže od onih koji nisu mutirali. Ukoliko se virus replicira u nekom čovjeku, sa svakom virusnom kopijom postoji rizik da mutira na način nepovoljan za nas. Ako je virus prisutan u tisuću ljudi, taj je rizik tisuću puta veći. A mi u Hrvatskoj imamo na tisuće novoinficiranih dnevno već tjednima. Već dugo ponavljam da nam cijepljenje nije dovoljno te da u situaciji visoke virusne prevalencije trebamo i mjere koje će suzbijati širenje virusa“, dodao je.

Mutacije vjerojatno nastaju u organizmima imunokompromitiranih

Čičin-Šain kaže da je među njegovim kolegama uvriježeno mišljenje, makar nemaju čvrstih dokaza za to, da virusi evoluiraju u nove varijante tijekom kroničnih infekcija osoba s oslabljenim imunitetom.

„Kada virus dugo tinja, na primjer kod osobe koja pati od agamaglobulinemije, odnosno nemogućnosti stvaranja protutijela, npr. zbog genetskog defekta, pa prima terapiju hiperimunim serumom, koja je dovoljna da spriječi smrt, ali ne i da se virus očisti iz organizma, tinjajuća infekcija može se rasplamsati kad virus mutira i izbjegne imunološko prepoznavanje“, tumači Čičin-Šain.

U prilog tome govore i studije koje su pokazale da je SARS-CoV-2 najviše mutirao u onim zemljama u kojima je udio procijepljenih ljudi bio mali. Jedno takvo istraživanje objavljeno je na platformi MedRxiv (grafikon dolje).

Bredfordova argumentacija na Twitteru

Za čitatelje koje zanima cijela Bredfordova argumentacija objavljena na Twitteru, predstavljamo prijevod i grafikone dolje:

Je li cijepljenje potaknulo evoluciju varijanti (alfa, beta, itd…) virusa SARS-CoV-2? Ovo je legitimno znanstveno pitanje, no nakon što sam ga istražio, došao sam do zaključka da ne vjerujem da je to slučaj. 1/19

Grenfell i suradnici 2004. (https://science.org/doi/10.1126/science.1090727) postavljaju konceptualne temelje za razmišljanje o ovom problemu. Ovu brojku malo je teško raščlaniti, no u osnovi će cijepljenje povećati imunitet stanovništva i pomaknuti poziciju udesno na osi x. 2/19

To će povećati snagu selekcije za imunološki bijeg (plava linija), ali će smanjiti brojnost virusa (crvena linija). Stopa prilagodbe virusa (crna linija) ovisi i o selekciji i o brojnosti, pa je maksimalna kada je imunitet u populaciji na srednjoj razini. 3/19

Ovdje sam ponovo nacrtao ovaj koncept. Na osi x prikazana je obilnost virusa u proizvoljnim jedinicama od 0% do 100%, a na osi y imunološki pritisak imune populacije, također u proizvoljnim jedinicama. Prilagodba virusa ucrtana je bojom i samo je umnožak obilnosti virusa i imunosnog pritiska. 4/19

 

Ako krenemo od srednje razine obilnosti virusa i imuniteta stanovništva i dopustimo daljnje širenje virusa, vidjet ćemo povećanje broja virusa kao i povećanje imuniteta u populaciji. Očekujemo da će kombinacija potaknuti prilagodbu virusa. 5/19

S druge strane, ako cijepimo ljude, vidjet ćemo povećanje imuniteta stanovništva, ali i smanjenje broja virusa. To sugerira više slabljenja u smislu virusne prilagodbe, tako da je stopa prilagodbe niža u scenariju cijepljenja nego u scenariju cirkulacije. 6/19

Ovo je sve teorija. Što smo zapravo primijetili da se događa sa SARS-CoV-2? Vidjeli smo najveće stope prilagodbe u domeni S1 proteina šiljak (https://twitter.com/trvrb/status/1437519281760079873 ), što je u skladu s činjenicom da učinkovita protutijela od cijepljenja i od infekcija ciljaju S1.

U cijelom genomu vidimo najveću korelaciju u domeni S1 šiljka, ali nalazimo slabije (iako statistički značajne) dokaze adaptivne evolucije u Nsp6 i ORF7a. 7/19

Također znamo da je domena S1 odgovorna za vezanje na stanice domaćina, pa će se evolucija za bolje vezivanje i replikaciju također usredotočiti na S1 (https://twitter.com/trvrb/status/1349774308202094594). Prilagodba domaćina bez obzira na imunitet može se usredotočiti na S1. 8/19

Dakle, S1 kao cilj evolucije ne bavi se evolucijom potaknutom cjepivom. Međutim, možemo promatrati šire korelate u smislu vremena i mjesta nastanka varijanti. 9/19

Nove varijante virusa uvelike su se razvile tijekom 2020. prije široko rasprostranjenog cijepljenja (https://twitter.com/trvrb/status/1460275919663206401) pri čemu se zajednički predak soja delta (na primjer) pojavio negdje oko listopada 2020. 10/19

Moja (vrlo spekulativna!) hipoteza je da do pojave novih varijanti virusa dolazi u slučajevima kronične infekcije tijekom koje imunološki sustav vrši veliki pritisak na virus kako bi izbjegao imunitet, a virus to čini tako što postaje stvarno dobar u ulasku u stanice.

Ovo nakupljanje mutacija na S1 sredinom 2020. može se vidjeti na različitim varijantama virusa. Ovo je slika S5 iz Kistler et al. (https://bedford.io/papers/kistler-sarscov2-adaptive-evolution/). 10/19

Također vidimo da su neka specifična mjesta nastanka povezana s cirkulacijom u 2020. i visokom seroprevalencijom (gama u Manausu posebno teško pogođenom u Brazilu https://science.org/doi/10.1126/science.abh2644, iota u NYC posebno teško pogođenom u SAD-u https://nature.com/articles/s41586-021-03908-2 , itd…). 11/19

U tom smislu revidirana analiza https://bedford.io/papers/kistler-sarscov2-adaptive-evolution/ za rekonstrukciju stabla od 20.000 genoma SARS-CoV-2, uključuje datume i zemlje unutarnjih čvorova i koristi ove zaključke kako bi procijenila pokrivenost cijepljenjem na unutarnjim čvorovima u stablu iz @OurWorldInData. 12/19

Ako zatim usporedimo mutacije na S1 na filogenskim granama s pretpostavljenom pokrivenošću cjepivom, dobivamo sljedeći rezultat gdje grane s mutacijama na S1 ne koreliraju s većom pokrivenošću cijepljenjem. 13/19

Prosječna pokrivenost cijepljenjem je 7.4% za grane bez mutacija na S1, 7.0% za grane s mutacijama S1 (p = 0.71 prema Mann-Whitney U testu). 14/19

Ovu analizu smatram preliminarnom, no na temelju ovog rezultata, uz opće vrijeme i mjesto pojave varijanti, mislim da je sigurno zaključiti da postoji malo dokaza da cijepljenje dovodi do pojave novih varijanti virusa. 15/19

Uz praćenje evolucije varijanti virusa, također možemo analizirati pokreće li cijepljenje njihovo širenje. U tom kontekstu je @marlinfiggins procijenio Rt specifičan za varijantu kroz vrijeme i među državama u SAD-u (https://twitter.com/trvrb/status 16/19

Usporedimo li Rt (Rt pokazuje koliko ljudi zarazi jedna osoba, op. a.) specifičan za varijantu s pokrivenošću cijepljenjem među državama kroz vrijeme, možemo procijeniti da cijepljenje uzrokuje smanjenje Rt. Na taj način otkrivamo da pokrivenost cijepljenjem smanjuje Rt nevarijantnih virusa i varijantnih virusa na ekvivalentan stupanj. 17/19

To sugerira da cijepljenje 2021. nije potaknulo širenje novih varijanti u SAD-u (zapravo pokazuje da je cijepljenje značajno smanjilo cirkulaciju). To je u skladu s varijantnim virusima koji su se širili povećanom prenosivošću, a ne otklonom od protutijela. 18/19

Vjerujem da je malo vjerojatno da je cijepljenje dovelo do pojave ili širenja novih varijanti virusa. Općenito, do endemičnosti bolesti trebamo doći putem stjecanja imuniteta, a do toga možemo doći infekcijom ili cijepljenjem. Pritom infekcija daje više mogućnosti za prijenos i daljnji razvoj virusa. 19/19

Izvor: Index/Nenad Jarić Dauenhauer

POPULARNE KATEGORIJE

Cookies nam pomažu pri pružanju usluga. Korištenjem naših usluga, prihvaćate naše korištenje cookies-a. Vidi više

Cookies Kolačići (COOKIES) Kako bi ova web stranica radila ispravno te da bismo bili u stanju vršiti daljnja unaprjeđenja stranice u svrhu poboljšavanja Vašega iskustva pregledavanja, ova stranica mora na Vaše računalo spremiti malenu količinu informacija (cookies) . Preko 90 % svih web stranica koristi ovu praksu, no prema odredbama Europske unije od 25. ožujka 2011. obvezni smo prije spremanja kolačića zatražiti vaš pristanak. Korištenjem web stranice pristajete na uporabu kolačića. Blokiranjem kolačića i dalje možete pregledavati stranicu, no neke njezine mogućnosti neće Vam biti dostupne. Što je kolačić? Kolačić je informacija spremljena na Vaše računalo od strane web stranice koju posjetite. Kolačići obično spremaju Vaše postavke, postavke za web stranicu, kao što su preferirani jezik ili adresa. Kasnije, kada opet otvorite istu web stranicu internetski preglednik šalje natrag kolačiće koji pripadaju toj stranici. Ovo omogućava stranici da prikaže informacije prilagođene Vašim potrebama. Kolačići mogu spremati širok raspon informacija uključujući osobne informacije (kao što je Vaše ime ili adresa e-pošte). Ipak, ova informacija može biti spremljena jedino ako Vi to omogućite – web stranice ne mogu dobiti pristup informacijama koji im niste dali i ne mogu pristupiti drugim datotekama na Vašem računalu. Zadane aktivnosti spremanja i slanja kolačića Vama nisu vidljive. Ipak, možete promjeniti postavke internetskog preglednika tako da možete sami birati hoćete li zahtjeve za spremanje kolačića odobriti ili odbiti, da pobrišete spremljene kolačiće automatski pri zatvaranju internetskog preglednika i slično. Kako onemogućiti kolačiće Isključivanjem kolačića odlučujete da li hoćete dopustiti pohranjivanje kolačića na vašem računalu. Postavke kolačića mogu se kontrolirati i konfigurirati u vašem internetskome pregledniku. Za informacije o postavkama kolačića, odaberite internetski preglednik koji koristite. Chrome Firefox Internet Explorer 11 Internet Explorer 7, 8, 9, 10 Safari Opera Ako onemogućite kolačiće, nećete moći koristiti neke od funkcionalnosti na web stranicama Vipneta. Što su privremeni kolačići? Privremeni kolačići ili kolačići sesije uklanjaju se s računala po zatvaranju internetskog preglednika. Pomoću njih web-mjesta pohranjuju privremene podatke, poput stavki u košarici za kupnju. Što su stalni kolačići? Stalni ili spremljeni kolačići ostaju na računalu nakon zatvaranja internetskog preglednika. Pomoću njih web-mjesta pohranjuju podatke, kao što su ime za prijavu i zaporka, tako da se ne morate prijavljivati prilikom svakog posjeta određenom mjestu. Stalni kolačići ostat će na računalu danima, mjesecima, čak i godinama. Što su kolačići od prve strane? Kolačići prve strane dolaze s web-mjesta koje gledate, a mogu biti stalni ili privremeni. Pomoću tih kolačića web-mjesta mogu pohraniti podatke koje će ponovo koristiti prilikom sljedećeg posjeta tom web-mjestu. Što su kolačići treće strane? Kolačići treće strane dolaze s reklama drugih web-mjesta (kao što su skočne ili bilo koje druge reklame) koje se nalaze na web-mjestu koje gledate. Pomoću tih kolačića web-mjesta mogu pratiti korištenje interneta u marketinške svrhe. Da li objektivno.hr koristi kolačiće? Da, s primarnim ciljem kako bi naše web stranice vam omogućile bolje korisničko iskustvo. Kakve kolačiće koristi objektivno.hr i zašto Privremeni kolačići (engl. Session cookies) – to su privremeni kolačići koji ističu (i automatski se brišu) kada zatvorite internetski preglednik. Objektivno.hr ih koristi da omogući pristup sadržaju i omogući stvari koje možete učiniti kada se prijavite sa svojim podacima na objektivno.hr. Trajni kolačići (engl. Persistent cookies) – obično imaju datum isteka daleko u budućnosti te će ostati u vašem pregledniku, dok ne isteknu, ili dok ih ručno ne izbrišete. Objektivno.hr koristi trajne kolačiće za funkcionalnosti kao što su “Ostanite prijavljeni”, što korisnicima olakšava pristup stranicama kao registriranom korisniku. Također koristimo trajne kolačiće kako bi bolje razumjeli navike korisnika, tako da možemo poboljšati stranicu prema vašim navikama. Ova informacija je anonimna – ne vidimo individualne podatke korisnika. Da li na web-stranici ima kolačića treće strane? Ima nekoliko vanjskih servisa koji korisniku spremaju limitirane kolačiće. Ovi kolačići postavljeni su za normalno funkcioniranje određenih mogućnosti koje korisnicima olakšavaju pristup sadržaju. Za mjerenje posjećenosti objektivno.hr koristi Google analytics. Ako želite onemogućiti da vam navedeni servis spremaju kolačiće, možete to učiniti: Google Analytics Opt-out. Objektivno koristi kolačiće u svrhu oglašavanja vlastitih proizvoda i usluga, te usluga i proizvoda svojih partnera koji bi korisnika mogli zanimati. Prikazivanje oglasa koje korisniku dostavlja objektivno.hr ili partner omogućuje se putem kolačića koje objektivno.hr, odnosno treća strana može postaviti u Web-preglednik korisnika. Korisnik uvijek može samostalno regulirati primanje kolačića putem postavki svojeg Web preglednika. Dodatne informacija oko isključivanja kolačića Trenutno postoji nekoliko web-stranica za isključivanje pohranjivanja kolačića za različite servise. http://www.allaboutcookies.org/ http://www.youronlinechoices.eu/

Close